La basilica si presenta oggi con le forme del rifacimento barocco intervenuto nel 1644 sul preesistente originale edificio romanico lombardo edificato tra il 1050 ed il 1075.

Il rifacimento in forme barocche della chiesa di S. Giorgio, si concluse col compimento della facciata solo nel 1709. Il progetto iniziale si deve a Giovan Battista Recchi, ma la facciata è dell’architetto ticinese Agostino Silva.

Il nuovo edificio, sempre intitolato a S. Giorgio fu ampliato mantenendo le tre navate, fra cui furono inseriti i massicci pilastri quadrati a sostegno delle volte a crociera della navata centrale e del transetto, alle cui estremità furono sistemate le cappelle laterali.

L’edificio, in facciata, è costituito da conci di granito serizzo piuttosto irregolare, allineati lungo una linea orizzontale. La finestra è ripartita da colonne con arco a tutto sesto e fiancheggiata da volute con statue di coronamento.

La chiesa fu restaurata per l’ultima volta nel 1876 e dell’originaria struttura romanica sono visibili un’abside esterna decorata con semicolonne addossate a lesene e, internamente, l’abside maggiore ed una minore.

L’interno si presenta a tre navate divise da pilastri e concluse da tre absidi, di cui la maggiore con loggia esterna e divisa in cinque nicchie, mentre le due rimanenti scavate nello spessore della muratura.
Esternamente l’abside è decorata con semicolonne addossate a lesene e presso l’ingresso posteriore della sagrestia si hanno lastre murate con bassorilievi allegorici, in un fregio è ritratto un drago e in un altro un uccello.

Sotto il presbiterio e la sacrestia attuali si sono trovati i resti della fase romanica della chiesa, e tuttora si possono vedere i rimanenti ambienti sotterranei dell’antico impianto basilicale e in particolare le antiche absidi, raccordate da stretti passaggi ricavati nel materiale di riempimento del XVII secolo.
Nelle nicchie dell’abside centrale si nota il livello originario della chiesa, inferiore al piano di calpestio attuale che risulta oltre un metro più in alto, al momento della ricostruzione seicentesca, a causa delle esondazioni del lago.
Di fronte alle nicchie è murata la lastra in sasso di Saltrio con il bassorilievo originale del sarcofago di Sant’Eutichio vescovo nativo del Borgo di Vico, che fu scolpita nel 1300 e conserva diverse raffigurazioni in tre formelle.

A partire dal 1081 le pareti delle absidi furono affrescate.
Il ciclo di affreschi si estende su una superficie di 50 mq e venne realizzato almeno in tre periodi diversi: i primi affreschi sono romanici e alcuni databili a partire dal 1081, data che risulta in un’epigrafe e che rimanda all’ XXI anno dell’episcopato di Rainaldo, governò la chiesa di Como dal 1061 al 1084.
L’affresco rappresenta la "Deposizione delle reliquie di santi".
Nel 1961 venne attuato lo strappo degli affreschi, per salvarli dalle infiltrazioni di acqua del lago; dopo un primo intervento di restauro furono riesposti in San Giorgio ma successivamente collocati presso le Civiche Raccolte d’Arte di Palazzo Volpi a Como, dove si trovano tuttora.

L’edificio conserva, nella volta della cappella destra, affreschi eseguiti da Gian Paolo Recchi, autore anche del grande affresco nella volta antistante il presbiterio raffigurante la "Lotta tra San Giorgio e il drago".
L’altra cappella, detta del crocifisso, ha una decorazione a stucco di G. Battista Barberini e tele della "Flagellazione" e "Incoronazione di spine" di Raffaele o Carlo Recchi.
L’altare maggiore è dedicato alla Vergine, con una statua di marmo di Carrara eseguita da Giuseppe Bayer (XIX secolo).